No todo va bien para los Soprano. Carmela no sólo debe aguantar la acritud de Tony por la ruptura, sino que ahora también se enfrenta a la falta de respeto de A.J. en casa. Mientras tanto, Tony espera ansiosamente la salida de prisión de su primo Tony Blundetto. La repentina muerte del patriarca de La Familia de Nueva York, Don Carmine, pone de patas arriba las relaciones entre Nueva York y Nueva Jersey. Posteriormente, Tony decide que es hora de olvidar las diferencias con la Doctora Melfi, pero no porque quiera someterse a terapia, sino por deseos amorosos.
Los federales intensifican sus esfuerzos por capturar a Tony, presionando aún más a Adriana, a la que le resulta muy difícil soportar la situación. Tony Blundetto sorprende a Tony al decirle que no quiere formar parte en los negocios de la familia. Carmela quiere un acuerdo de separación y aún estando Don Carmine de cuerpo presente, la hostilidad entre Little Carmine y Johnny Sack, la mano derecha de Don Carmine, es manifiesta.
El plan de Tony para compartir el poder en Nueva York no le sienta bien a Johnny Sack. Bajo órdenes de Johnny Sack, se derrama la primera sangre en Nueva York. Anthony Junior pasa una noche loca en Nueva York, lo que hace que Carmela le entregue su custodia temporal a Tony. Tras una serie de infracciones, Tony se encarga del problema de Feech La Manna.
Mientras Christopher está de viaje de negocios, un accidente en el que Tony y Adriana van en el mismo coche podría desembocar en problemas. La tensión crece hasta que Tony Blundetto ofrece una solución que salve las aparicencias de todos los involucrados. Carmela establece las reglas para que A.J. pueda volver a su casa; mientras, ella ha iniciado una relación con un consejero escolar, que la llevará a enfrentarse a algunas revelaciones incómodas. Los intentos de Tony Blundetto de mantenerse alejado del crimen no funcionan.
Tony conoce a la amante de su padre, y descubre algunos detalles que no le gustarán sobre él. El tío Junior, tras asistir a varios funerales, cae en depresión. Christopher “ayuda” a su tutor en Alcohólicos Anónimos, con resultados predecibles. Tony y Carmela hacen las paces.
Con el asesinato de Joe Peeps, un miembro de la cuadrilla de Johnny Sack, se desata un baño de sangre entre las bandas de Nueva York. El extraño comportamiento de Tony B y los detalles que se van desvelando del crimen hacen que a Tony le sea difícil mantenerse neutral. Carmela le hace la vida imposible a Tony en los trámites de su divorcio a pesar de su reciente acercamiento. Meadow y su novio Finn tienen importantes noticias.
Janice no puede mantener la calma y monta un espectáculo público avergonzando a Tony. Tony B y Christopher, quien se ha sentido crecientemente disgustado con el ascenso del primero en la familia, viajan hacia el norte en un proyecto especial para Tony. Tony Blundetto realiza una acción no autorizada, que podría amenazar la situación neutral de Jersey en el conflicto de las familias de Nueva York.
El FBI intenta usar la evidencia incriminatoria que tiene contra Adriana para que ésta delate a Christopher. Ésta se lo cuenta todo a su novio y éste decide no traicionar a la familia, por lo que Silvio la mata. En el transcurso de una conversación con Tony, Johnny Sack le da un ultimátum sobre Tony B, poniéndole contra las cuerdas. En casa, las cosas vuelven a su cauce con reencuentro de Tony y Carmela. Tony asesina a su primo Tony B para firmar la paz con Johnny Sack. El tio Junior pierde cada vez más la memoria.